1. カビ（麹菌、アオカビなど）
2. 細菌（乳酸菌、納豆菌、酢酸菌など）
3. 酵母菌（パン酵母、清酒酵母、ビール酵母など）

温暖湿潤な気候の日本はカビが繁殖しやすい環境ですが、それは逆に言うと、麹菌のような安全で有用なカビの繁殖（＝発酵）が進みやすい環境ともいえるのです。
だから日本では味噌やしょうゆや日本酒など、麹菌が活躍する発酵食品が多く生み出されてきました。

1.カビ（麹菌）について

カビは、さまざまな形態や機能を持つ糸状細胞の微生物。胞子を飛ばして拡散し、菌糸と呼ばれる糸状の細胞を伸ばして広がります。
味噌や醤油などの発酵調味料づくりに欠かせない「麹菌」も実はカビの一種です。
麹とは、主に蒸した穀類に麹菌を加えて繁殖させたもので、その麹菌の酵素がおいしい発酵食品を生み出します。
日本酒やみそ、しょうゆ、みりん、酢など日本で古くから使われてきた調味料は、ほとんどが麹を使った発酵食品です。
麹菌はそのまま使うのではなく、お米、麦、大豆などに加えて培養させた「麹」にして使用します。
そして、どんな食材（培地）で菌を繁殖させるかによって、「米麹」「麦麹」「大豆麹」と、できあがる麹の種類が変わってきます。
例えば、味噌の原料は大豆と麹と塩。煮大豆に米麹と塩を加えると「米味噌」に、米麹の代わりに麦麹を使うと「麦味噌」、大豆麹を使うと「豆味噌」（八丁味噌）ができます。
麹菌が生み出す酵素の力によって、食べ物の中のでんぷんやたんぱく質が分解され、体内での消化・吸収が効率よくできるようになったり、酵素によって生み出されるオリゴ糖をエサに腸内の善玉菌が活性化し、腸内環境が良くなったりします。
さらに、麹菌は豊富なビタミンやミネラルなどの栄養素をつくり、疲労回復や美容促進にも関係しているといいます。

2.細菌について

細菌は単細胞の微生物で、カビ菌、酵母と比べて最も小さな微生物。細胞分裂を繰り返して増えていきます。
発酵食品をつくる細菌の代表例が、ヨーグルトづくりに欠かせない「乳酸菌」、お酢づくりに欠かせない「酢酸菌」、納豆を生み出す「納豆菌」です。
乳酸菌とは、発酵によって糖類から乳酸を作り出す性質を持つ微生物のことを指します。人体に有益な菌のため「善玉菌」とも呼ばれます。
どんな糖をどんな乳酸菌が分解するかによって、できる発酵食品が変わります。代表的なのが「ヨーグルト」です。
牛乳に乳酸菌を加えると、牛乳に含まれる乳糖を乳酸菌が分解して乳酸発酵し、ヨーグルトができます。
ビフィズス菌、ガセリ菌、ブルガリクス菌、シロタ菌などの乳酸菌が乳酸を生み出し、いろいろなヨーグルトが生産されています。
また、ヨーグルト・チーズなどの乳製品以外にも、キムチやぬか漬け・すぐき漬けに代表される漬物やなれずし（鮒ずし）などの製造過程でも、乳酸菌が関係しています。それぞれの原料である野菜、お米などに含まれるブドウ糖、果糖、ショ糖、麦芽糖などを乳酸菌が分解して、発酵食品をつくり出しています。

3.酵母について

酵母は球形や楕円形をした単細胞の微生物。出芽によって増殖します。
酵母とは、糖をアルコールと炭酸ガスに分解する微生物のこと。植物や樹液、野菜や果物の表面、空気中など、自然界のあらゆるものに生息しています。
アルコール発酵をおこなうので、古くからお酒の醸造に使われてきました。また、パンづくりにも酵母（イースト）は欠かせません。
発酵の際に生成される炭酸ガスがパン生地を膨らませるのです。さらに発酵過程で香り成分を生み出すのも、酵母のはたらきによるものです。
ほかにも日本酒、紅茶、味噌、醤油、漬物、かつお節、塩辛、くさや、納豆など多くの発酵食品の発酵工程で酵母が作用しています。

腸内に棲む腸内細菌は、最近の知見では千兆個とも言われています。
腸壁にお花畑のようにびっしりと種類ごとに分布しているので、腸内フローラ（腸内細菌叢）と呼ばれています。腸内フローラは、生まれたときの環境などにより、そのヒト独自のフローラができあがると言われています。
腸内は母体にいる状態では無菌ですが、出生と同時に産道や空気、周りの人間の肌の接触などによって細菌が侵入します。
そして成長とともにその人独自のバランスでフローラが出来上がります。しかし加齢とともにそのバランスは崩れてゆきます。
腸内フローラはとってもデリケートです。加齢以外に抗生物質など薬物の乱用、精神的なストレス、運動不足、そして人が毎日摂る食事内容などに大きく影響を受けるのです。
では、私たちの食事と腸内細菌の関係はどのようになっているのでしょうか？
腸内細菌には3種類あります。有益な働きをする２割の善玉菌と、悪い影響を及ぼす1割の悪玉菌。残り7割は、その時々で優位な方に味方する大多数派の日和見菌です。
善玉菌は、野菜や果物が大好物。これらを発酵させ、有益な物質を作ります。
悪玉菌は、肉や脂肪が大好物。これらを腐敗させ、有害な物質を作ります。
腸内環境を整えるには、日和見菌をできるだけ味方につけて、善玉菌優位の状態にしておくことです。
善玉菌の代表は、ヨーグルトなどに含まれるビフィズス菌や乳酸菌です。ただし体外に排出されやすいため、腸内に長くとどまってくれる植物由来乳酸菌も意識して摂り入れると良いでしょう。植物由来乳酸菌は、古くから健康に良いとされる漬物や味噌などの発酵食品に含まれています。
（この植物由来乳酸菌は、「飯こな」にたくさん入っています。）
善玉菌を補給したあとは、善玉菌の好物となるオリゴ糖や食物繊維を含んだ食品（発芽玄米、バナナ、大豆、ごぼう、アボカド、海藻など）も補給しましょう。また、納豆に含まれるジピコリン酸には、悪玉菌の増殖を抑制する働きがあります。あわせて摂るようにすれば、腸の健康維持につながります。ぜひ、毎日の食事で意識していきましょう。
腸内細菌が活躍することで腸が元気に働くようになり、栄養の吸収が良くなります。そして自律神経のバランスも保たれるようになり、良いサイクルが生まれ始め、免疫力の強化にもつながります。
さらに、健康的な腸には、細菌やウイルスだけでなく、ガンに対しての免疫力を高める働きもあります。

免疫とは、病気から体を守る体内の仕組みのことです。免疫の機能が落ちると異常化した細胞に健康な細胞が負けてしまい、ガンを発症したり、アレルギー症状が出やすくなったりします。また、感染症にもかかりやすく、重症化するリスクも高まります。
私たちの身の回りには、細菌やウイルス、ほこりや汚染物質など、身体に有害なものがたくさん存在しています。
そのような物質にさらされても病気にならないのは、それらの有害物質を身体から排除する、免疫という防護システムがあるためです。
　 では、どうすれば免疫機能を強化することができるのでしょうか？